Conţinut

• Prezentare generală de software
• Tipuri de fișiere acceptate
• Primă extensie de fișier
• Alte extensii de fișiere utilizate de Integrated Genome Browser 9

Versiune (din 6/29/2016)	9
platforme
Licență	Sursa deschisa
Categorie	Științific

Mai multe informații (vizitați site-ul editorului)

Evaluare: 2.8 / 5 (6 voturi)

Prezentare generală de software

Caracteristici principale

• Suporta diferite formate genomice, cum ar fi GenBank si FASTA
• Interacționează cu datele cu animații zoom și panoramare
• Accesați și încărcați genomurile de pe site-urile QuickLoad
• Transformați datele în diferite forme grafice
• Partajați datele cu colaboratorii prin Dropbox
• Instalați pluginuri pentru funcționalități suplimentare

Genome Browser integrat (IGB) este un program open source utilizat pentru a vizualiza și a explora seturi de date genomice mari. Puteți să vizualizați diferite formate de date, să interacționați cu datele dvs., să creați grafice, să salvați informațiile ca imagini și să vă împărtășiți date colaboratorilor.

IGB vă permite să vizualizați date din adnotări și secvențe aliniate. Programul acceptă o varietate de formate, cum ar fi FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband și GenBank. Puteți lua datele și transforma-o într-o varietate de forme de grafuri, inclusiv grafice de nepotrivire pentru evidențierea diferențelor de date și grafice de adâncime pentru a afișa acoperirea. De asemenea, puteți interacționa cu datele dvs. prin animațiile de panoramare și panoramare ale IGB.

IGB vă permite să accesați și să încărcați genomuri de pe site-urile QuickLoad, care sunt simple sisteme de directoare, secvențe și alte fișiere de date în scopul vizualizării. IGB furnizează funcționalitate avansată, cu ajutorul pluginului, pentru a adăuga funcționalitatea și automatizarea fluxului de lucru prin utilizarea de scripturi. IGB vă oferă, de asemenea, funcții avansate pentru partajarea datelor dvs., fie că este vorba de publicarea imaginilor JPEG, PNG sau SVG de înaltă calitate, fie de stocarea datelor în Dropbox pentru a oferi colaboratorilor accesul la proiectul dvs.

IGB este utilizat în principal de către cercetători universitari, biologi și bioinformaticieni. Acesta oferă instrumente avansate pentru a deschide o varietate de formate de date genomice, pentru a vizualiza date ca grafice diferite și pentru a partaja date cu colaboratorii. Din nefericire, programul se bazeaza pe subventii pentru dezvoltarea continua, ceea ce inseamna ca sprijinul pentru aplicatie ar putea inceta in orice moment. Cu toate acestea, integrat Genome Browser este încă un program capabil, personalizabil pentru utilizatorii care doresc să exploreze și să analizeze datele genomului lor.

Tipuri de fișiere acceptate

Primă extensie de fișier

.XML - Fișier XML

Alte extensii de fișiere utilizate de Integrated Genome Browser 9

Tipuri de fișiere acceptate
.PAT	Fișier de urmărire adnotări UCSC BED
.DAS	Sesiunea de analiză DeltaMaster
.FA	Fișier de secvențe formatate FASTA
.FAS	Dosar de secvență FASTA
.FASTA	Dosar de secvență FASTA
.GB	GenBank Data File
.SGR	SGR Genome Data File
.USEQ	USeq Genome Data File